نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.

لوگان بعد از جستجو برای یک زندگی معمولی، برای گرفتن انتقام قتل نامزدش، به برنامه سلاح ایکس تن میدهد و تبدیل به وولورین میشود.